Бекешева Алия Аюпкалиевна родилась в 1970 году в Атырауской области. В 1995 году окончила Карагандинский государственный медицинский институт по специальности «гигиенист-эпидемиолог».
Трудовой путь начала в 1995 году врачом-эпидемиологом Атырауской городской санитарно-эпидемиологической станции.
В 1995–2013 годах работала в Атырауском городском управлении санитарно-эпидемиологического надзора на различных должностях: врачом-эпидемиологом, санитарным врачом, заведующим отделами гигиены труда, гигиены питания.
В 2013–2021 годах занимала должность главного специалиста, руководителя отдела департамента санитарно-эпидемиологического контроля Атырауской области комитета санитарно-эпидемиологического контроля Министерства здравоохранения РК.
С 2021 года и до нынешнего назначения работала заместителем руководителя департамента санитарно-эпидемиологического контроля Атырауской области.